Для это можно воспользоваться утилитой postsuper:
postsuper -d ID_сообщения
Например, удалим из очереди все сообщения от MAILER-DAEMON:
mailq | grep -v "^[^0-9A-Z]" | grep MAILER-DAEMON$ | awk '{print $1}' | sed 's/*//' | postsuper -d -
Комментарий:
mailq - просматриваем очередь
grep -v "^[^0-9A-Z]" - удаляем все строки, кроме начинающихся ID сообщения
grep MAILER-DAEMON$ - выбираем строки, которые заканчиваются на MAILER-DAEMON
awk '{print $1}' - выбираем из строки ID
sed 's/*//' - удаляем символ *: означает что сообщение находится в очереди deferred - "отложенные"
postsuper -d - - удаляем сообщение: "-" - это стандартные вывод